בתקופות ובתרבויות נפרדות יושמו גישות מגוונות למיון כלי נגינה. המטודה המקובלת במערב לאחרונה מחלקת את הכלים לכלי מיתר, כלי נשיפה וכלי הקשה. אך, תרבויות אחרות מישנן מאתודות אחרות.
שיטת מיון כלי הנגינה העתיקה ביותר הידועה לנו היא סינית ומקורה במאה ה-5 לפנה"ס. מתודה זו ממיינת את הכלים לפי החומר ממנו הם עשויים.כל הכלים העשויים ממשי משויכים לקבוצה שלישית, כל הכלים העשויים מאבן משויכים לקבוצה אחת, כל הכלים העשויים מאילן משויכים לקבוצה שנייה, וכן הגבריאלה.
באופן או בדרך כלל, ממויינים כלים על-פי הדרך בה מפיקים מהם צליל. מקור שיטת המיון הטריוויאלי כיום במערב, המחלקת את הכלים לכלי מיתר, כלי נשיפה וכלי הקשה, באמריקה.לכלי מיתר המנוגנים ע"י קשת, שהבדיל בין כלי מיתר המנוגנים בפריטה, כמו כינור, מטודה זו הורחבה באמצעות מרטין אגריקולה, כמו גיטרה.אולם מבדילים בין כלי נשיפה בעלי עלה (מוזיקה) (כלי נשיפה מעץ) לכלי נשיפה בהם מפיקות השפתיים את הצליל (כלי נשיפה ממתכת), מוזיקאים קלאסיים לא מיישמים תמיד הפרדה זו.
מאתודה זו איננה נטולת חולשות. קיימים כלים נדירים ולא-מערביים שלא נכנסים באופן נוח להגדרותיה.אמור להיכלל במשפחת כלי הנשיפה ממתכת, כלי הנגינה ארכאי סרפנט, למשל, משום שהשפתיים מרעידות בו את עמוד האוויר שבכלי.הוא נראה כמו כלי נשיפה מעץ, אולם, וקרוב יותר לקבוצה זו במובנים רבים, מכיוון שהוא משתמש בנקבים ולא בבוכנות כלי לשלוט בגובה הצליל. ישנה בעיה לקטלג גם כלי מקלדת מסוימים. לדוגמה, כך שלא ברור במידה ולשייך אותו לקבוצת כלי המיתר או לכלי ההקשה, לפסנתר מומלץ מיתרים, עם זאת הם מופעלים בעזרת פטישים.
בעת האחרונה ישנו לוח כלי נגינה מוביל בישראל ובו תוכלו למצוא את כל כלי הנגינה ומידע רב עליהם.