בשל העובדה כי לימודי הנדסאי תעשייה וניהול הינם רב תחומיים ומשלבים בתוכם מגוון רב של נושאי לימוד, הנדסאי תעשייה וניהול נהנים מהתמחויות שונות המוצעות להם במסגרת מסלול הלימודים כמו: התמחות בניהול ואיכות, התמחות בשיווק וניהול, והתמחות במערכות ייצור. בשנת ההתמחות נחשף הסטודנט לתהליכי השיווק והלוגיסטיקה ולומד כיצד ליישם אותם בתוך הארגון תוך דגש לצרכיו של הארגון וליעדים אליהם הוא שואף. מטרת ההתמחות היא להרחיב את הידע של הסטודנט בתחום שבחר ובכך להגדיל את סיכויי העסקתו בעתיד.
התמחות בניהול ואיכות
הנדסאי תעשייה וניהול שבחר במסלול התמחות זה, ייחשף לנושא המוביל והמתקדם ביותר שקיים היום בתוך כל ארגון ששואף במתן מוצרים ושירותים ברמה הגבוהה ביותר, ובמילה אחת- איכות. ניהול איכות כולל בתוכו אסטרטגיה חשובה וחיונית להטמעת תקני איכות גבוהים בתוך כל אחד מהמישורים הקיימים בתוך הארגון, כי ארגון מצליח ומוביל הוא זה אשר מספק ללקוחותיו את המוצרים הטובים ביותר, המותאמים לצרכיהם האישיים ובמקביל לא מפסיק לשפר את שירותיו.
התמחות בשיווק וניהול
במסלול התמחות זה, רוכש בוגר לימודי הנדסאי תעשייה וניהול, את הכלים שילמדו אותו כיצד להשתלב כאיש שיווק ומכירות במערך השיווק הטכנולוגי במשק. סטודנט במסלול זה, לומד לפתח מיומנויות שיווק, תוך כדי שימוש בטכניקות כמותיות ואיכותיות שנדרשות בניהול מערכות שיווק ומכירות. את הידע והמיומנות שירכוש הסטודנט, הוא יוכל ליישם בקלות כאשר יעסוק בשיווק בענפי התעשייה השונים הן במגזר הפרטי והן בציבורי.