פקודת מס הכנסה והתקנות מכוחה מעלות חובת ניכוי מס במקור, בשיעורים קבועים, בנסיבות שונות על משלמים מתשלומים מסוימים. אל מול חובה זו קיימת הסמכות לפקיד השומה להקטין את שיעור הניכוי הקבוע ואף לאפסו. המטרות של הניכוי במקור הנן :
א. הבטחת גביית המס ותשלומו בסמוך למועד התקבול.
ב. להוות כלי קשר ואכיפה בידי פקיד השומה אל מול הנישום בכל הנוגע לצייתנותו
לחוקי המס.
במילים אחרות ניכוי מס במקור הינו כלי נוסף של מס הכנסה להוציא ממך את הכסף שאתה חייב לרשות עוד לפני סוף השנה והגשת הדוח השנתי , כך מס הכנסה מבטיח את גביית המס ללא בעיות ועיכובים , במידה ולא הגעת לחבות מס בשנה הנוכחית , מס הכנסה יחזיר לך את כספך בתוספת ריבית והצמדות
הפעלת סמכותו של פקיד השומה להקטין את שיעור הניכוי נעשית לאור המטרות הנ"ל ולצורך כך עומד לרשותו מערך ממוחשב, תומך החלטה, המקושר למערכי המס השונים.
החל מחודש ינואר של שנת 2009 , בשונה מהנהוג משנים קודמות, רשות המסים מנהיגה שיטה חדשה להפצת מידע בדבר ניכוי מס במקור. במסגרת השיטה החדשה לא יודפסו ולא יישלחו ללקוחות רשות המסים, אישורים של פטור/הקטנה מניכוי מס במקור ואישורים לפי חוק עסקאות גופים ציבוריים.
קישור למערכת ניכוי מס במקור של מס הכנסה
כתוצאה מהמעבר לשיטה החדשה יינתן המידע בדבר ניכוי מס במקור בשלשה ערוצים אלקטרוניים מקוונים להלן :
1. קבלת מידע בקובץ באמצעות מערכת "מיבזק" המיועדת למנכים גדולים.
2. קבלת מידע פרטני באתר האינטרנט - עד 10 תיקים.
3. שרות חדש: "מערכת 1000 "- קבלת מידע בקובץ באתר האינטרנט , עד 1,000 תיקים
ניתן לבטל את אחוז הניכוי , במידה וישנה סיבה מצדקת , עדיף לבקש מרואה החשבון שלכם או יועץ המס שיבטלו לכם , עדיף לכם לשלם מקדמות מס הכנסה מאשר ניכוי של סכומים מההכנסות שלכם.