פוליגרף הוא אחת הבדיקות היעילות ביותר בתחום של החקירות. אמנם הבדיקה אינה מהימנה במאה אחוזים, אך השימוש בה הוא כלי חקירה מעולה. כאשר מבקשים מאדם לעבור פוליגרף, גם התגובה שלו לאפשרות לבדיקה יכולה להעיד על אשמה, פחד מלהתפס ומעלה את האפשרות של אדם יש משהו להסתיר.
בדיקות פוליגרף הן בדיקות די רווחות, וגורמים רבים משתמשים בהן גם בצבא, במשטרה וגם בחקירות. רוב הנבדקים בימינו כבר לא מסתייגים מכלי זה, מאחר וידוע שמכיילים את ה פוליגרף לפני התחלת הבדיקה, כך שלרוב לא אמורה להיות טעות לאור הכלי. מה שכן, מאוד חשוב שהבודק יהיה אדם מקצועי ומיומן, כי פרשנות שלו והאופן בו הוא מוביל את החקירה, יכולה להיות מאוד משמעותית בבדיקה.
במידה ואדם יצא דובר שקר, הבודק או מישהו אחר עורך לנבדק שיחת הבהרה, ובה הוא עובר איתו על התכנים שעלו בפוליגרף, ועל השינויים במדדים הגופניים שלו בתגובה לתכנים מסויימים. בדרך כלל שיחת הבהרה היא מאוד יעילה אם היא נערכת בצמוד לבדיקת הפוליגרף.
ככלל הנבדק לא אמור להיות מופתע מהשאלות עליהן הוא נשאל ב בדיקת פוליגרף . הוא אמור לעבור שיחת הכנה לפוליגרף, בה מראים לו דף כתוב עם כל השאלות עליהן יישאל בפוליגרף. הסיבה שעושים זאת היא גם חוקית- אדם לא ייחקר בפוליגרף על נושא ללא ידיעתו, אבל יש גם סיבה טכנית ומהותית- עצם ידיעת הנושא לא מפחיתה מתח, אלא דווקא מגבירה את המתח במיוחד במקרים בהם לנבדק יש מה להסתיר.