אך הניתוח הקיסרי הוא לא בהכרח בעל המשמעות השלילית אשר מייחסים לו.
כמו כל ניתוח, מדובר בסיוע חיצוני לגוף ויש בכך סיכונים. אך בשורה התחתונה, אם האם הגיעה למצב בו ממליצים לה על לידה בניתוח קיסרי-כנראה שהניתוח מהווה אלטרנטיבה הולמת לכל מצב אחר בו האישה ההרה יולדת לידה רגילה, בזמן שמרחפת סכנה עבור האם ועבור תינוקה.
לכן, כדאי להביט על האפשרות ללדת בניתוח קיסרי באור חיובי יותר.
לא תמיד ניתן לחזות מראש מצבים שבהם יהיה אילוץ ללדת באמצעות ניתוח קיסרי, אך ישנם כמה מצבים אשר לרוב מעידים על כך-זיהום או הרפס כלשהו, ליקויים בשלייה, לידת פג, לידת עכוז, חסימה של תעלת הלידה ועוד.
יכולים להיות מצבים שבהם הלידה תחל בצורה נורמטיבית אך במהלכה תהיה הפנייה לביצוע ניתוח קיסרי. מצב שכזה יכול להיות תוצאה של צניחה של חבל הטבור, תגובה לא טובה של התינוק ללידה, דימום מהשלייה, לידה שאינה מתקדמת ועוד.
בכל אחד מהמצבים הנ"ל, קיים סיכוי שתבוצע הפניה לחדר הניתוח.
אם התכנון היה ללדת לידה טבעית, כלומר, לידה ללא התערבות כירורגית ובמיוחד ללא התערבות תרופתית (להקלה על כאבי הלידה) ולמרות זאת מתקיימת הפניה לביצוע ניתוח קיסרי, חשוב לדעת כי בניתוח קיסרי נעשה שימוש באפידורל.
גם בהריון מרובה עוברים, כלומר לידה של תאומים או יותר, יכולים לבצע ניתוח קיסרי. לעתים, תאומים לוקים בתסמונת מעבר דם עוברי ולרוב ע"מ להציל אותם פונים לביצוע ניתוח קיסרי.
במהלך הניתוח עצמו יבוצע חתך בבטן התחתונה ע"מ להוציא את התינוק ואת השלייה. הרופא יחתוך את חבל הטבור. התינוק יילקח לבדיקות שמטרתן לוודא שהוא תקין מכל בחינה. לאחר מכן יבצעו תפרים במקום שבו בוצע החתך, החל מהשכבה הפנימית של הרחם ועד לשכבה החיצונית של העור.