בדיקת פוליגרף היא אחת הבדיקות השנויות במחלוקת. אם כי עדיין מרבים להשתמש בה בכוחות הביטחון ובשירות המדינה, המעמד של הפוליגרף ככלי אימות וחקירה הלך וירד בהדרגה עם השנים. בעשור האחרון חל שינוי בתפיסה של הפוליגרף רק ככלי חקירתי, והחלו יותר להשתמש בו במגזר הפרטי לשם יישוב סכסוכים לא פורמלים.
כיום בדיקות פוליגרף מבוצעות מכל מיני סיבות החל מחקירות בטחוניות, קבלת מועמדים לעבודה ויישוב סכסוכים בין בני זוג. המעמד של ה פוליגרף השתנה כאמור עם השנים ולפי מחקרים מהימנות הפוליגרף היא גבוהה אך עדיין לא מספקת על מנת לשמש כראייה היחידה להרשעה של בנאדם.
יכולות להיות סיבות רבות לשגיאות בפענוח תוצאות בדיקת פוליגרף החל מבעיות כיול המכשיר ועד איכויות פסיכולוגיות של הנחקרים. אם כי רוב החוקרים סבורים כי האדם הנחקר לא יכול להוציא את עצמו דובר אמת באמצעות התנהגות מסויימת, העדויות שעלולת מהשטח הן אחרות.
בדיקת פוליגרף לא יכולה להכפות על האדם ברוב המקרים אלא דרושה הסכמתו להליך, וכן- עליו לעבוד שיחת הכנה לפוליגרף בטרם הבדיקה עצמה. שיחת ההכנה לפוליגרף כוללת למעשה את כל השאלות שהאדם אמור להחקר עליהן. במידה ולא נעשה שיחת הכנה מספקת לבדיקת פוליגרף ניתן לטעון כי התוצאות אינן ניתנות להסקת מסקנות.
המקום הלא וודאי של בדיקת הפוליגרף, מיקם אותה כבדיקה מסקרנת למחקרים ולייצוגים בתרבות הפופולארית כמו בסרטים ובספרים. סרטים בנושאים של משפט וחקירות מרבים להציג את הכלי כשנוי במחלוקת אך כמסייע בפענוח של מצבים.