במשרד הבריאות, כמו בכל משרד ממשלתי אחר במדינת ישראל, ישנו תפקיד הנקרא מדען ראשי. נושא תפקיד המדען הראשי אחראי על כל תחומי המחקר והפיתוח במשרד בו הוא מוצב, ובמקרה שלנו – משרד הבריאות. כיום מחזיק בתפקיד מדען ראשי במשרד הבריאות בני שהרבני וקודמיו בתפקיד היו רמי רחמימוב ופרופסור עודד אברמסקי.
כיום, לשכתו של נושא תפקיד מדען ראשי במשרד הבריאות עוסקת בשלושה תחומים עיקריים:
ניהולה ותפעולה של קרן המחקר של המדען הראשי. קרן זו אחראית על מיון, תעדוף ושיפוט בכל תהליך של בקרה ובדיקת מחקרים המגיעים אליה על ידי רופאים וחוקרים ממכוני מחקר רפואיים שונים ברחביה של הארץ. הקרן ממיינת ואוספת רק את המחקרים הראויים מבין כולם, על פי דעתה המקצועית, והם אלו הזוכים להתייחסות מצידה. בנוסף, הקרן ממליצה לארגונים התורמים לרפואה וקיימים ברחבי הארץ על מחקרים רפואיים שבוצעו והגיעו לידיה ועשויים לעזור ולסייע לתפעולם ותרומתם לרפואה של אותם ארגונים.
מדען ראשי במשרד הבריאות אחראי על יישום חוקים הנוגעים להיבטים שונים ברפואה ועלולים להיות מופרים בעת ביצוע מחקרים רפואיים למיניהם. כיום, החוקים עליהם אחראי נושא תפקיד מדען ראשי במשרד הבריאות הם: חוק צער בעלי חיים (התשנ"ד , 1994) המדבר על ניסויים הנעשים בבעלי חיים ומפקח על ניסויים שכאלו הנעשים במכוני מחקר שונים ובבתי חולים ברחבי הארץ. חוקים נוספים עליהם אחראי המדען הראשי הוא חוק מידע גנטי (התשס"א , 2000), חוק התערבות גנטית (התשנ"ט , 1999) וחוק הסדרת מחקרים במחוללי מחלות ביולוגיים (התשס"ט , 2008). חוק הסדרת מחקרים במחוללי מחלות ביולוגיים נועד בכדי לקבוע את המסגרת החוקית להסמכה ומתן הרשאה למוסדות מחקר העוסקים במחוללי מחלות. הלשכה אף אחראית על הפיקוח מבוצע על מחקרים מסוג זה.
לשכתו של מדען ראשי במשרד הבריאות אחראית גם על השתתפות במחקרים אירופאים ומייצגת את משרת הבריאות במחקרים אלו.
לסיכום, כפי שאמרנו המדען הראשי ולשכתו אחראיים על כל המחקר והפיתוח בתחום הרפואי והבריאותי בארץ, יש ללשכה קשר ישיר עם מכוני מחקר בכל רחבי הארץ ומחוץ לה ובנוסף יש לה קשר ישיר עם מכוני מחקר בינלאומיים לצורך תמיכה במקרים ובממצאים שלה.