טיפול בשפכים מבוצע כיום באמצעות מכוני טיהור שפכים, או בקיצור מט"שים. מרביתם פועלים על בסיס של טכנולוגיית הבוצה המשופעלת. הטיפול בשפכים מתרכז בפירוק של חומרים מזהמים ועיכולם על ידי מיקרואורגניזמים שונים, והפרדת הבוצה המתקבלת מהמים. מי הקולחין שמתקבלים כתוצאה מטיפול בשפכים יכולים להיות מושבים לשימוש חוזר למטרות שונות, על פי רמת הטיהור.
טיפול בשפכים נועד לשתי מטרות מרכזיות. הראשונה היא מניעת זיהום סביבתי, הנוצר כתוצאה מהזרמה ישירה של השפכים אל הקרקעות, אל הנחלים ואל הים. המטרה השנייה היא לאפשר חסכון במים על ידי הפקת מי הקולחין ושימוש חוזר בהם. פירוט האמצעים המתאימים ורמות הטיהור הנדרשות נמצא בתקנות בריאות העם, הקרויות גם תקני איכות מי קולחין וכללים לטיהור שפכים 2010, או תקנות ענבר.
מתקני הטיפול בשפכים הקיימים נכון להיום מפיקים מי קולחין באיכות שונה. חלק מהמתקנים, אשר הוקמו בתחילת שנות ה-90, תוכננו ונבנו על פי הדרישות שהיו קיימות באותה התקופה, ושודרגו בהמשך. לכן רק חלק מהמתקנים האלה מורשים להזרים מי קולחין אל הנחלים.
התקנות החדשות שהותקנו בשיתוף משרד הבריאות ומשרד ההגנה על הסביבה מגדירות תנאי סף חדשים לאיכות מי הקולחין המופקים במתקני הטיפול בשפכים. מספר הפרמטרים על פי הם תיבחן איכות הקולחים עולה מ-2 ל- 37. התקנות מגדירות שההגעה לרמת האיכות הנדרשת תתרחש בתוך תקופה של חמש שנים מהיום בו הן נכנסות לתוקף.
בנוסף להחמרה משמעותית של תנאי הסף, התקנות מטילות על צוות המתקנים להכין תכנית ניטור מסודרת ולבצע בקרה שוטפת על איכות מי הקולחין המופקות בהם. מעבר לכך ובנוסף לחובת הטיהור ובקרתו, המתקנים חייבים לדווח ולפרסם לציבור את תוצאות הבדיקות שנעשו למי הקולחין. יש לצפות ששקיפות מוחלטת זו תעודד את הנהלות המתקנים לפעול למניעת כשלים והזנחה בנושא.
לסיכום, טיפול בשפכים בארץ מבוצע כיום על פי תקנים מודרניים המקובלים במרבית המדינות המפותחות. יחד עם זאת, התקנות החדשות מחייבות קפיצת מדרגה בנושא. החמרה משמעותית בתנאי הסף של מי הקולחים המתקבלים בסופו של תהליך הטיהור של השפכים, חובת הניטור והבקרה, והשקיפות המלאה הנדרשת ממתקני הטיהור – כל אלה קובעים סטנדרט חדש ומתקדם בנושא בהשוואה למצב הקיים בארץ וגם ביחס למדינות אחרות.